Japanissa vallitsee lauhkea ilmasto. Maassa vallitsee Suomen tapaan neljä vuoden aikaa, joskin maan sääolosuhteet voivat vaihdella rajustikin kohteesta riippuen. Esimerkiksi eteläisessä Japanissa sijaitseva Okinawa on ilmastoltaan subtrooppinen kaikkine sade- ja taifuunikausineen. Hokkaidon saarella puolestaan voidaan varautua raskaaseenkin lumen tuloon.

Maanjäristykset

Koska Japani sijaitsee kolmen mannerlaatan yhtymäkohdassa, se on erityisen altis maanjäristyksille. Maanjäristykset ovat maassa hyvin yleisiä ja saattavat säikäyttää tietämättömän turistin. Järistykset eivät kuitenkaan ole useimmiten kovia eivätkä paikalliset tunnu edes huomaavan pienempiä maan liikahteluja. Lumimyrsky altista aluetta löytyy lähinnä pohjoisesta, Hokkaidon saarelta. Etenkin talvikausina lumimyrskyt voivat kohota hyvin rajuiksikin.

Sää

Sääolosuhteiltaan Japani on kuitenkin ympärivuotinen kohde – toki kohde kannattaa valita säämieltymyksiensä mukaan. Miellyttävin aika matkustaa maahan ajoittuu kevääseen ja syksyyn. Kesällä lämpötilat nousevat usein korkeiksi ja hikoilemiselta on vaikeaa välttyä. Talvet puolestaan ovat huomattavasti Suomea leudompia, mutta eivät kuitenkaan erityisen lämpöisiä. Talviaikaan matkaamisessa on hyvä huomioida myös lämmitysten puutteellisuus majoituksissa. Palelemaan joutuu varmasti, ellei majapaikka pysty tarjoamaan säädettävää lämmitystä huoneissa. Lämmitysten puutteellisuutta ilmenee etenkin perinteisissä japanilaisissa majoitusvaihtoehdoissa.